官复原职，甚至还越级提拔。如汉中府同知柴庸以事下刑部狱，他的僚属和关在一起的案犯，代为申诉，一致证明他"在官廉价"，朱元璋即让柴庸复职，并将代为申冤的同狱案犯减罪一等。四川定远(治今四川武胜西南)知县高斗南，才识精敏，多有善政，洪武二十九年与永州知府余彦诚、齐东(今山东青城东南)知县郑敏、仪真知县康彦民、岳池(今四川广安)知县王佐、安肃(今河北徐水)知县范志远、当涂知县孟廉及怀宁(今安徽安庆)县丞苏亿、休宁县丞甘镛、当涂县丞赵森并坐事，先后被捕。所在府、县的耆民奔走京师，上报他们的政绩，代为申冤，朱元璋"嘉之"，即赐给这些官员袭衣、宝钞，令官复原职，并赐给耆民路费。他们还任后，政绩益著。不久，高斗南还被举为廉吏，被列名《彰善榜》、《圣政记》。九年考满，政绩为同僚之最，又擢为云南新兴(治今云南玉溪)知州。灵壁知县周荣、宜春知县沈昌、昌乐知县于子仁、新化(今属湖南)知县叶宗因事遭逮捕审讯，这几个县的百姓到京师颂其贤能，朱元璋便将他们四个人都提拔为知府。衡山(今属湖南)主簿纽睢正刚直有为，廉洁白守，遭到同僚陷害下狱，当地百姓以其廉能请求宽宥，朱元璋立即提拔他做陕西参议。旌表与惩治相结合，收到了奖廉惩奸的效果，"由是长吏竞劝，一时多循吏之绩焉"。

对于官吏玩忽职守、违法乱纪的行为，朱元璋则采取断然措施，严厉惩办。洪武十八年(1385年)正月，吏部报告全国布、按及府、州、县朝觐官员共四千一百一十七人，其中称职者占十分之一，平常者十分之七，不称职者十分之一，贪污、闻茸(驽弱)者十分之一，朱元璋下令："称职者升，平常者复其职，不称职者降，贪污者付法司罪之，闻茸者免为民。"洪武六年八月，御史大夫陈宁奉命祭奠孔子，丞相胡惟庸、诚意伯刘基、参政冯冕等不陪祭而受胙(祭祀用的肉)，朱元璋说：刘基等学圣人之道而不陪祀，对不学圣人之道者将何以示劝?既不预祭而享其胙，于礼可乎?下令停发刘基、冯冕各一月的俸禄，陈宁因知情不举，亦停俸半月。洪武二十四年八月，礼部右侍郎凌汉因不修职事，被降为都察院左佥都御史。洪武十九年二月，监察御史辛彦德奏报江西彭泽歉收，当地官吏未及时存恤，至有鬻其儿女者，朱元璋下令将彭泽县令施以杖刑。同月，礼部尚书任亨泰出使安南，市买人口为仆，被降为监察御史。

对于官吏的公务性错误，朱元璋一般大多采用罢官、贬官、调职等行政处理的办法来处理，即使处刑，一般也都较轻，很少采用刑戮的手段。有些人以事被捕待判，因为不是犯贪污罪，朱元璋往往还加以赦免。如洪武二十七年(1394年)九月，浙江右布政使杨允、左参政罗钟、右参政李文华、湖州知府王祯俱以事被逮，朱元璋因为他们都不是犯的贪污罪，全部赦免，官复原职。但是对贪赃舞弊行为，则绝不轻饶。朱元璋认为吏治之弊莫甚于贪墨，而庸鄙者次之，说："朕于廉能之官，虽或有过，常加宥免，若贪虐之徒，虽小罪亦不赦也。"洪武四年十一月，他特地下达一条命令："自今官吏犯赃罪者无贷。"官吏犯赃罪者，他不仅动用刑狱，严加惩处，而且往往法外加刑。罪行较轻的，被处以谪戍、屯田、工役之刑。如徐州丰县丞姜礼在任之时，借口替犯人交纳赃款，挨家挨户敛民宝钞，全部装人自己的腰包，因而被当作积年害民官吏，"发付修城"。洪武九年，"官吏有罪者，笞以上悉谪屯凤阳，至万数"，其中绝大多数是犯赃官吏。罪行严重的，则处以墨面文身、挑筋、挑膝盖、剁指、断手、刖足、刷洗、称竿、抽肠、黥刺、曰、劓、阉割为奴、锡蛇游、斩趾枷令、常号枷令、枷项游历、迫令自杀、枭首、凌迟、免发广西拿象、全家抄没发配远方为奴、族诛等各种非刑。户部尚书赵勉夫妻两人贪污受贿，案发后被杀。工部侍郎韩铎上任不到半年，伙同本部其他官员，先后卖放工匠二千五百五十名，得钞一万三千三百五十贯，克扣工匠伙食钱钞三千贯，盗卖芦柴二万八千束，得钞一万四千贯，还盗卖木炭八十多万斤，私分人己，被杀身处死。大名府开州(治今河南滋阳)判官刘汝霖，追索该州官吏罗从礼等代贪官藏匿的赃款，逼令各乡村的百姓代为赔纳，被枭令于市。风阳临淮知县张泰、县丞林渊、主簿陈日新、典史吴学文及河南嵩县知县牛承、县丞母亨、主簿李显名、典史赵谷安等接受逃军钱钞，逼令他人代充军役，案发后"两县官员尽行典刑"。福建右布政使陈泰，经常下乡科敛扰民，被拿赴京师，斩首于市。福建东流江口河泊所官陈克素勾结同业户人，侵吞本所鱼课一万贯，又勾结东流、建德两县官吏王文质等，验丁敛钞，不下数万，被杀身死。进士秦舁、张子恭、王朴奉命到昆山县查勘水灾，接受当地教谕漆居恭、茜泾巡检姚诚的宴请，并收下他们贿赂的缎匹、衣服等物和钞币一千一百贯，将当地的二万二千六百亩熟田"作灾妄奏"，朱元璋命锦衣卫给刃器、绳索，令其自尽。尚书郎某依仗李善长的权势，"放肆奸贪"，朱元璋下令诛之，籍没其家。当时官吏贪赃到六十两以上，均处枭首示众、剥皮实草之刑。各府、州、县和卫所衙门左首的土地庙，就是行刑的场所，叫做剥皮庙，也叫皮场庙。贪官被押到那里，砍下脑袋，挂到旗竿上示众，再剥下人皮，塞上稻草，摆到衙门公座旁边，用来警告继任的官吏。后来，朱元璋见官吏犯贪赃罪的很多，说："本欲除贪赃官吏，奈何朝杀而夕犯!"甚至下令："今后犯赃者，不分轻重皆诛之!"

对违法犯禁的官吏，除了平常随时惩办外，还进行几次大规模的集中清洗，如洪武四年(1371年)录(甄别)天下官吏，八年的空印案，十八年的郭桓案，十九年逮官吏积年为民害者(2)，声势都极浩大。其中，尤以空印案与郭桓案的规模最大，两案连坐被杀的达七、八刀人。

空印案发生在洪武八年(1375年)。原来按照规定，全国各布政司和府、州、县，每年都必须派计吏到户部报告地方财政的收支帐目。所有钱粮、军需等款项，府报布政司，布政司报部，层层上报，经过户部审核，户部掌握的数字必须与各布政司收支款项总和的数字完全符合，各布政司的数字也必须与下辖各府收支款项总和的数字完全符合，才能结帐。数字如有分毫差错，合不拢的，整个表册即被驳回，需要重新填造。布政司和府离京师远的六七千里，近的三四千里，重造表册要加盖原衙门的大印，来回跑一趟得花上个把月甚至一年的时间，那就会错过报帐的日期。为了减少麻烦，节省时间，各地的计吏都带上已经盖好官印的空白表册，以备部驳时填用。这种空白表册，盖的是骑缝印，除了向户部报帐外，并不能做别的用途，谁也不认为这里面有什么问题。各地计吏年年都这么办，已经成了习惯。洪武八年，多疑的朱元璋知道了这件事，大发雷霆，说：如此作弊瞒我，此盖部官容私，所以布政司敢将空印纸填写，尚书与布政司官尽诛之!于是，"系郡国守相以下数千百人狱，劾以死罪"。户部尚书周肃及"行省大臣二十余辈，守、令署印者"皆处死，"佐贰以下榜一百，免死，为军远方"。洪武十八年(1385年)，御史余敏、丁廷举告发北平布政使司、按察使司官吏李或、赵全德等与户部右侍郎郭桓、胡益、王道亨等"僭用故元宫中物"，朱元璋就撤了他的职务，将他调回京师，后来死于回京的途中。永嘉侯朱亮祖出镇广东，收受贿赂，强行释放被番禺知县道同捉起来的犯罪土豪和亲戚，并诬陷道同，使之含冤屈死。朱元璋弄清真相后，洪武十三年九月下令将朱亮祖和他的儿子、府军卫指挥使朱逻一起鞭死。驸马都尉欧阳伦是马皇后亲生女儿安庆公主的夫婿，他不顾朝廷禁令，多次派家奴去陕西偷运私茶出边境贩卖。家奴个个倚仗权势，骄横暴虐。尤其是周保，更随意凌辱地方官吏，稍不如意，就把他们狠揍一顿，所到之处，不胜其扰，就连封疆大吏也怕他三分，叫干什么就干什么，丝毫不敢怠慢。洪武三十年(1397年)四月，正值春耕大忙季节，欧阳伦又强迫陕西布政司发文叫下属府州县派车替他往河州运载私茶。家奴周保走到哪里，就叫哪里的衙门官吏给他派车，共"索车五十辆"。到了兰县(治今甘肃兰州)河桥巡检司，又肆意殴打巡检司的小吏。小吏不堪忍受，向朝廷告发。朱元璋闻讯怒不可遏，六月"以布政司官不言，并伦赐死，保等皆伏诛，茶货没人于官"，并写了一通敕书，派人送到河桥巡检司，表彰、慰问那个不避权贵的小吏。
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明初整肃吏治的斗争前后延续二三十年的时间，大约在洪武十八年至二十八年达到縞潮。这期间，大批违法的官吏遭到鞭笞、罚做苦工、剥皮、挑筋以至抄家灭族的惩处。据说，朱元璋每天上朝，如果把玉带高高地贴在胸`前，这一天杀的人就少一些；如果把玉带低低地按在肚皮下面，这一天准得大杀一批，官员就吓得面如土色。在这种恐怖气氛中，不论大官小官，个个胆战心惊，不知通同舞弊，侵盗官粮。朱元璋下令将他们逮捕审讯，牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等。三月将赵瑁等人弃市，六部左右侍郎以下皆处死，追赃粮七百万石。供词牵连到各布政使司的官吏，人狱被杀者又数万人。御制《大诰》宣布郭桓等人的罪状说："其所盗仓粮以军卫言之，三年所积卖空。前者榜上若欲尽写，恐民不信，但略写七百万(石)耳。若将其余仓分并十二布政司通同盗卖见在仓粮，及接受浙西四府钞五十万张(贯)，卖米一百九十万石不上仓，通算诸色课程鱼盐等项，及通同承运库官范朝宗偷盗金银，广惠库官张裕妄支钞六百万张(贯)，除盗库见在宝钞、金银不算外，其卖在仓税粮及未上仓该收税粮及鱼盐诸色等项课程，共折米算，所废者二千四百余万(石)精粮。"因为案件株连的人多，打击面大，引起许多地主官僚的不满和恐慌，他们纷纷攻击告发、审讯的御史和法官，并说朝廷罪人，玉石不分。为了防止矛盾的扩大，朱元障一面手诏公布郭桓等人的罪状，一面又将原审法官右审刑吴庸等人处以磔刑，以平众怨，并下令："朕诏有司除奸，顾复生奸扰吾民，今后有如此者遇赦不宥!"

对吏治的整肃，朱元璋还注意做到不避亲故。皇亲国戚、故旧勋臣违法犯禁，他也毫不宽假，照样处刑。淮安侯华云龙在北平私据元丞相脱脱的大宅第，犹嫌不足，