记每个军丁的从军来历，调补卫所的年月及在营丁口之数，称为"勘合户由"，发给内外各卫，用以管理现役军士。后来，军户户口册就发展成为军籍黄册，简称军黄册或军黄。其他如匠籍册、灶籍册等，都陆续编造。这些一般的户籍黄册就称为民黄册，或称民黄，以与军黄册相区别。明初黄册的编造，奠定了明朝的户籍制度。

黄册制度建立后，明廷对户口户籍的管理极为严格。规定全国编人里甲的人户，一律要在黄册上逐一登记，"人户以籍为断"，"以其业著籍"。男为丁，女为口。男子一生下来，即"籍其名日不成丁，年十六日成丁"。成丁之后，必须为国家服徭役，直到六十岁才能免除。男子在十岁?的就要被编入黄册的正图，十岁以下的男孩和妇人、女子以及鳏、寡、孤、独，则编入畸零项内。就连寺院庵观的僧、道，只要是有田地财产的，不论是寺庙或本人的产业，也要编入黄(特许者除外)，没有产业的才编人畸零项内。民人一旦被编入户籍，就不许随便改变籍属，也不许随便迁徙。民户因灾荒重役等被迫逃往他乡的，"所在有司必须穷究所逃去处，移文勾取赴官，依律问罪，仍令复业"。只有老弱不种田者，才许"令所在著籍，授田输赋"。

《大明律》规定："凡军、民、驿、灶、医、卜、工、乐诸色人户，并以籍为定。若诈冒脱免，避重就轻者，杖八十。其官司妄使脱户，及变乱版籍者，罪同。若诈称各卫军人，不当军民差役者，杖一百，发边远充军。"凡一户全不附籍，将他人亲属隐蔽在户不报，及相冒合户附籍，隐漏自己或他人成丁人口不附籍，民户逃往邻境州县躲避差役，丁夫杂匠在役及工乐杂户逃亡者，均严加惩治。

在实行黄册制度的同时，朱元璋还把始行于江南地区的里甲制度推向全国，以便加强对人民的控制。洪武十三年(1380年)，当朱元璋下令编造黄册时，户部尚书范敏建议以"百一十户为里，丁多者十人为里长，鸠一里之事以供岁役，十年一周，余百户为十甲"。朱元璋采纳他的意见，第二年即在全国普遍推行，令各府、州、县在编造赋役黄册之时，把所有的人户都编入里甲之内。据《明太祖实录》记载，其法"以一百一十户为里。一里之中，推丁粮多者十人为之长，余百户为十甲。甲凡十人。岁役里长一人，甲首十人，管摄一里之事。城中日坊，近城日扇，乡都日里。凡十年一周，先后则各以丁粮多寡为次。每里编为一册，册之首总为一图。其里中鳏、寡、孤、独不任役者，则带管于百一十户之外，而列于图后，名日畸零"。从"岁役里长一人，甲首十人"以及"十年一周"等记载看，洪武十四年推行于全国的里甲制度，每里由原来的一百户增为一百一十户，里长由一户增为十户，甲首也由十户增为一百户。每里分为十甲，每甲十一户。一里长户下辖十甲首户，按照黄册上编定的年分，挨甲轮差，十年一周。对此，章潢《图书编》的记载更为明确："洪武十四年创赋役黄册，以一百一十户为一图，选其粮多者十户为里长，余百户为甲首。十年轮役，催办钱粮，追摄公事。"里长由丁粮多的十户，轮流充任。如果里长家道中落，无法应役，则于一百一十户内推选丁粮多者补充。"轮年应役，十年而周，当年谓之见役，轮当者谓之排年。"每年由一里长带领本里十户甲首充当现役。里甲的职责极为广泛，除了负责追征钱粮，勾摄公事，祭祀鬼神，接应宾旅以及应付官府的各种征求，还要督促生产，"凡里长部内，已入籍纳粮当役田地，无故荒芜及应课种桑麻之类而不种者，俱以十分为率，一分笞二十，每一分加一等，罪止杖八十"。此外，里甲必须对全里人户进行管辖和约束，"谁贫谁富，谁困苦，谁逃流，谁人钱粮多寡，谁人丁消长，彼尽知之"。民间发生纠纷，里甲也要负责决断，若"其顽民不服，展转告官，捏词诬陷者，正身处以极刑。里甲还设有里正、甲正，掌管鱼鳞图总册。并设老人一职，又称里老、耆宿，规定由"年高有德"、"公正可任事者"担任，实际多由"殷实户"的老人充当，与里长共同"主一里之事"。里甲之内，所有民户都要"互相知丁，互知务业"，并且互相作保，实行连坐。"民间一里之中，若有强劫盗贼、逃军、逃囚及生事恶人，一人不敢缉捕，里甲、老人必须会集里人擒拿赴官，违者以罪罪之"。"若一里之间，百户之内，见诰仍有逸夫(游民)，里甲坐视，邻里亲戚不拿，逸夫处死，里甲四邻化外之迁"。这种里甲编制，不仅是封建国家征派赋税和徭役的基本单位，而且也是州县以下最广泛的基层组织单位，兼具农村政权的性质。

朱元璋还设立路引制度，与里甲制度相配合，全面约束人民的行动。路引也叫丁引，就是通行证或身份证，是从古代的"传"、"过所"、"公凭"发展而来的。朱元璋规定，自京师及至全国，一切臣民，朝出暮入，都要检查路引。路引必须向所在地方的官府申请，申请的手续非常严格，违犯者要受到严厉的刑罚。军民走出百里之外，即需持有路引，出外住宿，亦须检查路引，"市村人民舍客之际，辨人生理，验人引目"。军民如果走出百里之外，"不给引者，军以逃军论，民以私渡关津论"。对逃军的处罚是："凡军官、军人从军征讨，私逃还家，及逃往他所者，初犯，杖一百，仍发出征。各处守御城池军人在逃者，初犯，杖八十，仍发本卫充军。再犯，并杖一百，俱发边远充军。三犯者，绞。"对私渡关津的处罚是："凡无文引私渡关津者，杖八十。若关不由门、津不由渡而越度者，杖九十。若越度缘边关塞者，杖一百，徒三年。因而出境者，绞"。此外，明政府还多次下令实行海禁，严禁私下诸蕃互市。人民的一举一动，都受到严格的控制。

除了通过黄册制度、里甲制度、路引制度，把全国人民牢固地束缚在固定的土地上，朱元璋又大力维护封建家长制的统治。植根于小生产个体经济之上的封建家长制，是君主专制中央集权制度得以维持统治的重要条件，因此受到朱元璋的高度重视。他一再告诫臣下说："治天下者修身为本，正家为先"。按照传统的封建宗法制，《大明律》明确规定，封建家长只能由嫡长子继承，不立嫡长子要受到杖八十的惩处，只有当嫡妻年五十以上又不生子者，才可立庶子，即使立庶子，也须立庶长子，否则与不立嫡子同罪。家长被赋予处理家庭财产的全权，以便巩固家长制的物质基础。"别籍异财"受到严格的禁止，卑幼擅用本家财产，也要受到刑事处分，二十贯笞二十，每二十贯加一等，至杖一百为止。家政一概由家长负责，子孙必须绝对服从家长的教诫和命令，包括主办婚姻在内。"不孝"被列为"十恶"之一，要受到严厉的惩处，"凡子孙违犯祖父母、父母教令及奉养有缺者，杖一百"。子孙对祖父母、父母，妻妾对丈夫，弟妹对兄姊进行骂詈或殴打，要受凌迟、斩、绞和其他轻重不等的刑罚。至于匿父母丧、冒哀出任、弃亲之任、居丧嫁娶等等违背孝道的行为，都在禁止之列。百官不得擅离职守，但闻父母丧，"不待报，得去官"。家长的统治地位和家庭的尊卑名分，受到严格的保护。《大明律》专门立有"亲属相为容隐"的条款，规定家庭中的成员犯法，除"谋叛"以上罪行之外，亲属为之隐瞒者无罪。还立有"干名犯义"的专款，禁止亲属之间的诉讼行为，否则将处以凌迟或其他刑罚。浙江观海乡千户吕祥犯罪，他弟弟向官府揭发，朱元璋便以"兄不友其弟，弟不恭其兄"的罪名，把他们兄弟俩都谪戍于边。亲属之间互相侵犯，则按尊卑亲疏定罪，对尊长的处刑远比卑幼为轻。在保护家长的权力和地位的同时，明政府则要求家长负责担保全家对国家、社会承担的义务，不仅全家的户口、租赋和徭役都要家长负责，家属犯罪，家长也要受到牵连，"若家人共犯，止坐尊长"，就连家属冒用家中其他人的路引偷度关津，也"罪坐家长"。∴∴

朱元璋参加的元末农民大起义，本是利用白莲教发动起来的。朱元璋称帝之后，许多农民又借助秘密宗教组织来反对他的统治，这不能不引起他的恐惧和不安。他告诫臣下："夫邪说不去，则正道不兴。正道不兴，天下乌得而治?"在《大诰三编》里，朱元璋十分恼怒地说："元政不纲，天将更其运祚，而愚民好作乱者兴焉。初本数人，其余愚者闻此风而思为之，合共谋倡乱。是等之家，吾亲目睹。今江西有等愚民，妻不谏夫，夫不戒前人所失，夫妇愚于家，反教子孙，一概念诵南无弥勒尊佛，以为六字，又欲造祸，以殃乡里"。下令进行取缔，规定："今后良民凡有六字者，即时烧毁，毋存毋奉，永保已安，良民戒之哉!"《大明律》还规定："凡师巫假降邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公、太保、师婆及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，扇惑人民，为首者，绞；为从者，各杖一百，流三千里。"即使迎神赛会，也要"杖一百，罪坐为首之人"。"凡造谶纬、妖书、妖言及传用惑众者，皆斩。若私有妖书，隐藏不送官者，杖一百，徒三年。"江西新涂等县杨文德等，利用白莲教秘密进行反明活动，官府觉察后，就派兵搜捕。"生擒者数百名，所在杀死者又若干，眷属流移他处，中途死者又若干"。

学校的儒生和走出校门的士大夫，不仅具有广泛的社会影响，而且是封建官僚的后备队伍，朱元璋对他们的控制更是严厉。他为各级学校制订了种种条规禁令，严格限制生员的言行举动。国子监的学规多达五十六条，规定监生必须"遵承师训，循规蹈矩"，"止许本堂讲明肄业，专于为已，日就月将，毋得到别堂往来，相引议论他人长短，因而交结为非。违者从绳愆厅纠察，严加治罪"。除奔丧、完婚、父母年已七十必须侍养或妻子死亡等情形外，监生不得请假休学；就是请假休学，也必须由皇帝亲自批准才行。监生必须埋头攻读，不得同别的班级往来，不得议论他人长短，当然更不得议论国家大事。学规还规定："敢有毁辱师长及生事告讦者，即系干名犯义，有伤风化，定将犯人杖一百，发云南地面充军。"监生对国子监的教学和生活发表意见，也以"干名犯义"的罪名，严加惩处。有的监生，因为触犯了学规，被囚禁饿死，甚至自缢身亡。洪武二十七年(1394年)，监生赵麟"贴没头帖子"，被加上"诽谤师长"罪名，按学规的规定，应杖一百充军，朱元璋为杀一儆百，竟