南、陕西、湖广、山西十二布政司，十五年增设云南布政司，共有十三布政司。各布政司的管辖范围，大致同元朝的行中书省差不多，但不包括分散于其中的卫地。由于行中书省的名称已叫惯了，朝廷和民间仍把布政司叫做行省，简称为省。不过，布政司不仅职权比行中书省大大缩小，而且性质也发生了变化，行中书省是朝廷中书省在地方的分出机构，是中央分权于地方，而布政司的长官则是朝廷派驻地方的使臣，凡事都要秉承朝廷的意旨，这是地方集权于中央。在承宣布政使司之外，各行省还保留原设的提刑按察司，统称为提刑按察使司，简称按察司，仍以按察使为长官，秩正三品，"掌一省刑名按劾之事"；还保留都指挥使司，简称都司，仍以都指挥使为长官，秩正二品，管辖所属的卫地，"掌一方之军政"。从东北到西北直至西南的少数民族聚居地区，不设布政使司，只设都指挥使司，实行军政与民政合一的统治。都司与布政司、按察司同为朝廷设在地方的派出机构，合称三司。三司互不统辖，均由皇帝直接指挥。凡遇重大政事，都要由都、布、按三司会议，上报给中央的部院。这样，不仅削弱了地方的权力，强化中央集权，而且地方机构职权专一．既加强统治效能，又互相牵制，便于皇帝操纵。布政司之下的地方政权机构，作了简化，仍保持府(直隶州)、县(府属州)的二级建制不动。

稍晚又对中央行政机构进行改革。朱元璋认为丞相制度是妨碍君主"躬览庶政"的一大障碍，指出："昔秦皇去封建，异三公，以天下诸国合为郡县，朝廷设上、次二相，出纳君命，总理百僚。当是时，设法制度，皆非先圣先贤之道。为此，设相之后，臣张君之威忙不过来，而且遇到重大问题，也无处商量，感到"密勿论思，不可无人"，于是便命翰林院编修、检讨、典籍与詹事府左春坊左司直郎、正字、赞读"详看诸司奏启，兼司平驳"。同时，在洪武十三年九月，设置四辅官，以四季为号，用来"协赞政事"。经过户部尚书范敏的推荐，以耆儒王本、杜占、龚教任春官，杜教、赵民望、吴源为夏官，秋官和冬官一时找不到合适的人选，由王本等人兼摄。不久，杜教等四人相继退休，召安然代之、后来安然病死，又召李干、何显周继任其职。四辅官的职责，是为朱元璋讲论治道；与部院官共同处理某些重大事务，如遇刑官议狱，"四辅及谏院复核奏行，有疑谳，四辅官封驳"，又如和谏院官一起审查各地荐举的人才，"凡郡县所举诸科贤才至京者，日引至端门庑下，令四辅官、谏院官与之议论，以观其才能"。但是，这些四辅官都是来自乡间的老儒，为人虽然悖朴，却没有什么专长，起不到"协赞政事"的作用。洪武十五年七月，朱元璋下令废除四辅官。四辅官取消后，他又感到诸多不便，当年十一月又仿效宋朝制度，置殿阁大学士，以礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，翰林学士宋讷为文渊阁大学士，典籍吴沉为东阁大学士；并置文华殿大学士，征聘耆儒鲍恂、余诠、张长年等充任。洪武十八年，又以翰林待诏朱善为文渊阁大学士。这些大学士名义上的职责是"辅导太子"，实际上未曾超出翰林官"以论思为职"的范围，他们秩仅正五品，"特侍左右，备顾问而已"，对军国大事"鲜所参决"。后来，经过建文、永乐、洪熙、宣德诸朝的发展，殿阁大学士的品秩不断提高，职权日益扩大，逐渐形成独具特色的内阁制度。

在废除中书省的同时，朱元璋又撤销大都督府，改设左、右、中、前、后五军都督府，每个都督府以左、右都督为长官，秩正一品．各领所属都司和卫所的军队，以分散中央军事机构的权力。并规定五军都督府管兵籍，掌军政，但无调动军队之权，兵部掌军官铨选和军令，但无直接指挥军队之权。"征伐则(皇帝)命将充总兵官，调卫所军领之；既旋则上所佩印，官军各回卫所"，兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统军之权，而无出兵之令合之则呼吸相通，分之则犬牙相制"。这样，既可防备将领擅调兵力发动叛乱，又使军权集中到皇帝手中。

当年五月，还罢除了御史台。

以谋反罪诛杀胡惟庸，废除丞相，罢中书省，又将大都督府改为五军都督府，并罢除御史台，这些都是震动全国的重大举措。为了防止意外事变的发生，朱元璋采取了一系列相应的措施。首先是安抚百姓、军士和官吏。当年二月，下诏郡县举荐聪明正直、孝弟力田、贤良方正、文学之士与精通术数者；四月，命群臣各举所知人才；到年底各府州县荐举至京者达八百六十余人，授予各种官职。第二年正月，又命新授官员，各举所知人才，八月再次诏求明经老成儒士，礼送至京。洪武十三年三月，诏减苏、松、嘉、湖四府重租赋额，"旧额田亩科七斗五升至四斗四升者，减十之二；杨璩、永城侯薛显屯田北平，以加强北边的防御力量。同年三月，西平侯沐英至灵州，遣候骑侦知北元部将脱火赤在亦集乃路，率兵长途奔袭，获其部曲以归。五月，都督濮英又进兵赤斤站，获故元豳王亦怜真及其部曲而还。七月再进兵苦峪，擒获故元省哥失里王等。十一月，北元平章完者不花、乃儿不花人犯永平，明守军奋起反击，指挥刘广战死，千户王辂击败之，擒获完者不花。第二年正月，朱元璋命徐达为征虏大将军，汤和、傅友德为左、右副将军，率师征讨乃儿不花。四月，徐达率诸将出塞，进至潢河，击败乃儿不花，"获全宁四部以归"。

由于这些措施的实行，局势显得比较平静，未发生意外的突发事变。于是朱元璋又继续进行机构改革，在洪武十五年十月设立新的中央监察机构都察院，置监察都御史为长官，秩正七品。十六年改设左、右都御史为长官，秩正四品，次年升为正二品，与六部尚书品秩相同。都御史代表皇帝对行政和军事系统实行监督，"职专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道"，至凡"大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者"，"百官猥葺贪冒，坏官纪者"，"学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者"，均可举发弹劾，遇有朝觐、考察，还可"同吏部司贤否陟黜"，职权极大。朱元璋说他"以六部为朕总理庶务，都察院为朕耳目"。台职与部权并重，故都御史与六部尚书合称"七卿"。都察院与六科彼此分权，又互相牵制。都察院之下，设十三道监察御史。一布政司为一道，每道设七至十一人，共一百一十人。这些监察御史品秩与外任知县相同，只有七品，但朱元璋利用他们来钳制大官，令其"主察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾"，在京巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视仓场、内库、皇城等，在外则巡按、清军、提督学校、巡盐、茶马、巡漕，出征则监军纪功等。而巡按则"代天子巡狩"，凡政事得失，军民利病，皆可直言无避，"所按藩服大臣，府、州、县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断"，更是威权赫赫。十三道的监察御史"虽与都御史相涉，但非其属官，直名某遣，不系之都察院，事得专达，都御史不得预知"。而且"御史与都御史例得互相纠绳，行事不宜牵制"。这些"天子耳目风纪之司"，起着为皇帝搏击异己的鹰犬作用。另外，在洪武十四年十一月又置大理寺，其长官为大理寺卿，秩正三品，"掌审谳平反刑狱之政令"。刑部、都察院、五军断事官所推问的狱讼，均需将案牍和囚徒移交大理寺复审，"凡狱具，未经本寺评允，诸司毋得发遣"。它与刑部、都察院合称三法司。这样，司法部门也互相牵制，便于皇帝操纵。⊿在⊿線⊿閱⊿讀⊿

中国古代的监察制度，原来是既监上又控下的。唐代的监察机构分为三个系统，御史为监察官，主掌风宪，行纠弹官邪之责；谏官为言事官，主掌规谏讽谕，司谏正君失之任；给事中为封驳官，主掌封还皇帝失宜的诏令和驳正百官有违误的章奏。三个系统既有明确分工，而又互相配合，组成一个严密的监察网，上至最高君主，下至百官臣僚，皆在监控的范围之内。至宋代，随着君主专制的加强，台谏的职权趋于合一，御史台与谏院合称"台谏"，但其监控的对象仍包括君主在内，规定谏官"凡朝政阙失"，大臣至百官任非其人，三省至百司事有违失，皆得谏正，给事中"若政令有失当，除授非其人，则论奏而驳正之"。吴元年(1367年)设立的御史台，基本上是继承宋代的"台谏"合一体制。洪武十三年五月罢除御史台后，鉴于臣僚久无谏诤的局面，六月又置谏院官，设左右司谏各一人，秩正七品，左右正言各二人，秩从七品，是年又予革除。洪武十五年十月设立都察院后，十一月复设谏院，调兵部尚书唐铎为谏议大夫。不过，谏院的设立，是与朱元璋罢废中书省和改御史台为都察院以强化皇权的意愿大相违背的。因此，唐铎出任谏议大夫不久，便被"左迁监察御史"，谏院大概也在此时被撤销，重新恢复台谏合一的体制。这种台谏合一的体制，由监察御史一身兼掌言事与察事两权，由于职权混一，没有专职的谏官，实际上是导致台权吞并谏权，都察院就纯粹变成天子的耳目之司了。所以在洪武年间，尚有韩宜可、周观正、王朴等监察御史直言谏诤，后来便很少有御史谏诤的事情了。正像明末清初的孙承泽所指出的："监察御史初亦言事，后惟察事。后世有纠劾而鲜规正，盖以言官、察官浑之为一也。"与此同时，唐宋职专封驳的给事中，是既控下又监上的，既应驳正百官有违误的章奏，也应封还皇帝失宜的诏令，起着全面自我调节的作用。但是朱元璋赋予六科给事中的职权，则是专门封驳六部的章奏，称作"科参"，这样就在无形之中剥夺了其封驳皇帝诏令之权。经过这番改革，监察机构就完全变成皇帝钳制、监控臣僚的工具，进而强化了君主的专制。

值得注意的是，朱元璋为了了解下情，监督臣民，曾于洪武三年(1370年)置察言司，寻罢。洪武十年七月，又设立通政使司，以通政使为长官，秩正三品。通政使"掌受内外章疏敷奏封驳之事"，专门负责向皇帝奏报四方陈情建言、申诉冤滞或告不法等事，并呈递天下臣民的实封奏章，"有径自封进者则参驳"。此外，通政使还有参预大政之权，"凡议大政、大狱及会推文武大臣，必参预"。通政使居于七卿之下的最高位次，因而与六部、都察院之长和大理寺卿合称为"九卿"。朱元璋对这个机构非常重视，他告谕首任通政使曾秉正："政犹水也，欲其常通，故以通政名官。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶