开始推行民兵制度。如龙风五年冬，左司郎中王恺奉命总制衢州军民之事，即命"县官籍江山、常山、龙游、西安(治今浙江衢州)四县丁壮，凡六丁之中简一以为兵，置甲首部长统之。丁壮八万有奇，得兵一万一千八百。无事则农，脱有警则兵者出攻战，而五丁者资其食"。广德府广阳、建平(治今安徽郎溪)等县，也曾"验丁出兵，谓之民义，以守广德"。民兵队伍的建设，既可维持地方治安，又可为正规军提供补充的兵源。

在强兵方面，朱元璋尤其重视军事纪律的整顿。参加起义后，朱元璋看到左右诸将"统御无法"，"心常鄙之"。后来当了带兵官，就开始注意纪律的整顿。有次带领一支归降的队伍出征，两名士卒违反命令，他"即斩以徇"，使"众皆股栗"，不敢再违抗命令。进攻镇江，为了引起将士对纪律的重视，还和徐达搞了个苦肉汁。临出师前，他召集将士，故意当众历数徐达"尝纵士卒之过"，宣布将按军法论处，再由李善长出面求情，让徐达保证今后一定严格约束士卒，并领兵攻打镇江，立功赎罪。他这才宣布免予处罚，告诫徐达及全体将领："吾自起兵，未尝妄杀。今汝等将兵往，当体吾心，戒缉士兵。城下之日，毋焚掠，毋杀戮。有犯令者，处以军法。纵之者，罚无赦。"诸将一致回答："谨受命!"徐达攻人镇江，果然号令严肃，"民无兵刃之灾，舍无焚烧之废，京口之民全生"。后征甘露(今江苏无锡市东)，"军士犯令者，即以甑蒸之"。以后每次攻城略地，朱元璋都反复告谕将士，只有"惠爱加于民，法度行于军"，部队才有战斗力，才能得到人民的支持，取得战争的胜利。他还特地告谕归降留用的敌方将帅，要求他们严格遵守自己制定的纪律："汝等亦非素富贵之家，一旦为将握兵，多取子女玉帛，非礼纵横。今既归于我，当革去旧习，如吾濠、泗渚将，庶可以保爵位。"将士严守法纪，朱元璋即通令嘉奖。亲征婺州时，朱元璋有次夜出私行，巡军根据实行宵禁的命令，出面阻拦。随行小先锋张焕告诉巡军这是位"大人"，要求放行。巡军拒不答应，说："我不知是何大人，只知犯夜者执之。"第二天，朱元璋就赏给巡军二石米，"后不夜出"。击败陈友谅后，常遇春"克赣不杀"，纪律严明，朱元璋派人嘉奖。对违反法纪的将士，则严惩不贷。龙凤二年，徐达由于辖下"诸将不戢士卒，虐取陈保二赀，致怨而叛"，加以攻取常州又久不下，朱元璋"命自元帅(徐达)以下皆降一官"。后来，胡大海领兵围攻绍兴，他的儿子胡三舍、王勇等三人犯酒禁，朱元璋命诛之，都事王恺出面求情："胡大海现总兵攻绍兴，可以本官之故饶他。"朱元璋大怒，说："宁可胡大海反了，不可坏了我号令!"当下就拔刀把胡三舍等三人杀死。经过雷厉风行的整顿，朱元璋的队伍终于变成一支军容整肃、纪律严明、服调遣、听指挥的队伍，攻城掠地，"秋毫无犯"，"市井宴然"，迥异于军纪败坏、师行无律的其他军队。

为了加强对将官的控制，防止他们不服指挥调遣甚至出现叛变投敌的行为，朱元璋还把出征将官的妻子留在应天做人质。这个办法最早实行于渡江之时，攻占应天后他又规定："与我取城子的总兵官，妻子俱要在京(指应天)住，不许搬取出外"，"将官正妻留于京城居住，听于外处娶妾。此外，朱元璋还使用义子监军。他先后收养了二十多个义子，后来攻占一些重要城镇，就派一个或二个义子做监军，和带兵的将官一起镇守，如"得镇江用周舍，得宣州用道舍，得徽州用王驸马，得严州(治建德，今浙江建德市东北)用保儿，得婺州用马儿，得处州用柴舍、真童，得衢州用金刚奴、也先，得广信(治今江西上饶)用周舍即沐英也"。龙凤四年四月，听说胡大海与朱文忠占领严州后意见不和，朱元璋指示专掌征行兵案的帐前都指挥使司首领官郭彦仁："保指挥(朱文忠官衔帐前总制亲军都指挥使司副都指挥的简称)我之亲男，胡大海我之心腹，前者曾闻两人不和，且保指挥即我亲身也，胡大海即我心腹也，身包其心，心得其安，心若定，身自然而定。汝必于我男处丁宁说知，将胡院判(胡大海官衔枢密院判官的简称)以真心待之，节制以守之，使我所图之易成。"从这番话语可以看出，朱文忠等义子是代表朱元璋来监视胡大海等将官的，握有节制诸将之大权。

孙子说："知彼知己者，百战不殆"。朱元璋深明此理。出于军事斗争的需要，他非常重视各种情报的搜集。龙凤五年(1359年)，曾派帐下卫士何必聚往江西袁州打探守将平章欧普祥的动静。何必聚返回应天，朱元璋"问其道里，必聚具对"。又问："汝到袁州，有何为记?"答日："欧平章门有二石狮，吾断其尾尖。"后来攻占袁州后，查看果然如此。当年四月，大宋山东守将毛贵被淮安赵均用所杀，毛贵部将自辽阳返回山东，又杀赵均用，仍奉毛贵幼子为总兵，镇守山东。朱元璋"欲知齐、鲁、燕、冀兵力强弱，地理险易"，复遣何必聚前往山东，"阳为毛平章(毛贵幼子)烧饭食，欲以探中原虚实"。同年，还挑选方德成、周海等卫士十三人，各赏银五十两，驾乘一只快船，佯称得罪朱元璋，至平江投奔张士诚。张士诚甚喜，"配以妻，抚之甚厚"。不逾月，周海向张士诚告发方德成等人诈降，张士诚大怒，将方德成等人俱斩于虎山下。吴元年(1367年)克平江后，擒获周海解送应天，朱元璋下令将其凌迟以祭方德成等十二人，"厚赐成等家，养赡终身"。龙凤九年(1363年)又派千户王时以买马为名，携带三千两银子到方国珍处，由方国珍的都事吴某陪同，乘方国珍的海船去大都，"体探元朝及察罕帖李思齐等军马事情"。后来，还曾遣胡兴隆往汴梁，打探元守将祝平章虚实，"往还六月，备侦以归"。又遣刘彬往河南府，侦察元总兵扩廓帖木儿的动静，被扩廓帖木儿发现遭到拘禁，至攻克河南府方才出狱。还派苏以仁往陕西伺察元总兵李思齐，也被察觉，关进大狱。洪武二年(1369年)攻克陕西．苏以仁出狱，向朱元璋陈拘禁的情况，朱元璋下令"厚赐彬及以仁，令还其家"。

在经济上，朱元璋首先是狠抓垦荒屯田，恢复农业生产。由于连年战争，加以灾荒疾疫，田园荒芜，粮食奇缺，不仅人民的生活十分困苦，军饷的供应也极艰难。朱元璋深知："为国之道，以足食为本"，"理财之道，莫先于农"，要从根本上解决军饷的供应问题，改善人民的生活，必须恢复和发展农业生产。攻下应天后，便下令"武官听从开垦荒田，以为己业"，文职"拨与职田，召佃耕种，送纳子粒，以代俸禄"，以推动荒地的开垦。后来，又命诸将分军于龙江等处屯田。龙凤二年(1356年)七月，建立江南行省，设营田司，"以修堤防，专掌水利"。明代文献中的"营田"，主要是指以军士屯田，这个"营田司"大概兼有组织军士屯的职责。龙凤四年二月，任命康茂才为营田使。这一年，吴良、吴祯兄弟戍守江阴，率领不满五千的士兵，一边训练，一边屯 "以给军饷"。第二年，王恺戍守衢州，也令守军屯种废田五万七千亩，以给兵食。耕地不足，他又征用地主的荒规定"民有，力弗能艺者，听军士贷耕，而为输粮"，把地主的荒闲土地交给士兵屯种，由士兵向江南行省政权交纳赋税。龙风九年二月，朱元璋又申明屯田之令，告谕全军将土："兴国之本在于强兵足食，昔汉武以屯田定西戎，魏武以务农足军食，定伯兴王莫不由此。自兵兴以来，民无宁居，连年饥馑，田地荒芜，若兵食尽资于民，则民力重困。故令尔将士屯田，且耕且战。......自今诸将宜督军士，及时开垦，以收地利，庶几兵食充足，国有所赖。"击灭陈友谅后，亦令邓愈在襄阳领兵屯种，"且耕且战"。

在组织军队屯田的同时，还注意发动农民搞好生产。龙凤二年(1356年)九月，朱元璋到镇江，即派儒士"告谕乡邑，劝耕桑，筑城开垦"。龙风四年建立民兵制度，简拔训练民间丁壮，"农时则耕，闲则练习"。龙凤九年，更将这一制度加以推广，使两淮江南诸郡的民间丁壮全部组织起来，"练则为兵，耕则为农"。龙凤十一年六月，下令民间广种经济作物，规定："凡农民田五亩至十亩者，栽桑、麻、木绵(棉花)各半亩，十亩以上者倍之，其田多者率以是为差。有司亲临督劝，惰不如令者有罚，不种桑使出绢一匹，不种麻及木绵使出麻布、绵布各一匹。"第二年正月，又告谕中书省臣："今春时和，宜令有司劝民农事，勿夺其时。一岁之中，其收获多寡，立为劝惩。"五月，再谕中书省："吾往濠州，所经州县，见百姓稀少，田野荒芜。由兵兴以来，人民死亡，或流徙他郡，不得以归乡里，骨肉离散，生业荡尽......尔中书省其命有司遍加体访，俾之各还乡土，仍复旧业，以遂生息，庶几斯民不致失所。"吴元年(1367年)七月，为了进一步加强对农业生产的管理，又设立司农司，以杨思义为司农卿。⊙⊙文⊙檔⊙共⊙享⊙與⊙在⊙線⊙閱⊙讀⊙

这些措施的实行，使农业生产逐步得到了恢复和发展。如康茂才领兵屯田，到龙风九年，"所存得谷一万五千石，以给军饷，尚余七千石"。由于粮食增产，龙风十二年春，原先不断上涨的麦价已经"稍平"了。

其次，征收商税，立盐茶法、制钱法，开铁冶，广辟财源。龙凤六年(1360年)十二月，首先对酒、醋实行征税，随后对其他商品也实行征税，遂没官店以征商，称官店钱。龙凤八年十月，设关市批验所官，征收境内外往来货物商税，"盐货以十分为率，税其一分；物货以十五分为率，税其一分"。龙风十年四月，应天官店改为宣课司，府州县官店改为通课司，同时降低税额，规定"凡商税三十税一，过取者以违令论"。此外，还设立竹木抽分场征收竹木税，在江西、湖广的湖池之处设河泊所征收鱼课，"岁得谷一一百余万石"。盐税历来是封建官府的一项重要收入。朱元璋刚占领应天时，两淮盐场被张士诚控制，为了解决军民食盐的困难，他令枢密院经历出具文据，交给将官的家人前往与张士诚交界的边境，用货换盐，运回应天出售。后来攻占诸暨和处州，分别在唐口关和吴渡设立两个抽分所，允许外境客商运盐入境贩卖，由抽分所抽取一定比例的盐货抵税，"变作银两及买白藤、磺黄等物，以资国用"。龙风七年二月正式确定盐法，置局设官，令商人纳钱请引贩鬻，"每二十分而取其一，以资军饷"。第二年设关市批验所