七日，他在应天府北门外的鸡鸣山下举行了大规模的阅兵典礼，"列山、陆二寨军于山下，众数十万"。他还命帐前亲兵都指挥使冯国用挑选壮年英勇、多历战阵的士卒三百六十名，"赐衣甲，悬象牙牌于上。御书押字，背云守御±，刻名姓于其侧，以卫出入。用黄绢尺幅，印以朱字，号日帐前黄旗先锋。"又挑选曾充元军之花枪少壮者四百人，名日"大号先锋"。又从扬州来降的地主武装青军、长枪二色军内挑选四百名，号日"铁甲士"。又挑选善骑射、多交锋之人一千名，"各给马匹、鞍辔、衣甲、弓剑、枪等"，名日："骁骑士"。他还提升都先锋常遇春为都督马步水军都大元帅，领众数万，以濮养斋为军正，"仿古兵法，以军士五人为伍，十人为旗，五十人为队，设旅镇以领之。"当年由于发生饥荒，军需供应非常困难，朱元璋下令将应天东、南两面城外排栅之内的空地，分给帐下士卒不长手茧者，"令夏种瓜茹，各(冬)种菜，听自收食"。又命各城守将"植桑枣，及督民男耕女织"。二月，他还向应天、镇江、太平三府的富民预借米、麦、豆充作军粮，"数十万石之费一月而就"。并铸铜钱，"自一两以至一钱，文云应天通宝，或铸大中通宝"，令民通行，与历代铜钱兼用，"使以铜钱二百二十文，折米一斗。"

在朱元璋攻占应天、建立江南行中书省政权的前后，元朝的统治更加衰朽，统治集团内部继续倾轧不已，财政和军事都陷入了崩溃的境地。

原来，脱脱死后，元顺帝更加肆无忌惮地追求享乐，成天忙于游宴，搞"大喜乐"。他弄了一百个漂亮的宫女，衣缨络，执乐器，唱金字经，跳雁儿舞，从中又挑选三圣奴、妙乐奴、文殊奴等十六个最妩媚妖艳的宫女，称为十六天魔，挖一条地道，"盛饰其中"，大白天和她们一起鬼混。他还让一百多个嫔妃学秘密佛法，同他一起行"大喜乐"。奇皇后劝元顺帝不要玩天魔舞女，他大动肝火，说；"古今只我一人耶"两天不去后宫。当时大都缺粮，元顺帝和宫女玩得开心，就让那些女宠把太仓的存粮都搬到她们家里，百官的俸禄则用茶、纸和杂物抵充。元顺帝还热衷于造龙舟，制宫漏，建房屋。他亲自设计龙舟的图样，令内官供奉少监塔思不花在内苑监造，放到从内宫和前宫山下的海子里，供自己和宫女游玩。龙舟首尾长一百二十尺，宽二十尺，前有瓦帘棚、穿廊和两暖阁，后有吾殿楼子。龙身和殿宇全部五彩金妆，前头有两个龙爪。龙舟内装有机括，能使龙首的眼、口和爪子活动，龙尾摆动拨水。舟上用二十四名水手，身穿紫杉，腰束金荔枝带，分别站在两旁撑篙。还有盛妆舞女，在两岸牵挽。他还自己制造宫漏玩赏，高约六七尺，宽三四尺，以木为柜，内藏各种水壶，运水上下。柜上设西方三圣殿，柜腰立玉女手捧时刻筹，按时浮水而上。左右各列两尊金甲神人，一尊悬钟，一尊悬钲，到夜间按更敲钟击钲，侧旁的狮子、凤凰随之腾翔起舞。柜的东西有日月宫，宫前站立六个仙女，到子、午时自动行走，度过仙桥到三圣殿，然后退回原处。"其精巧绝出，人谓前代所鲜有。"他还喜欢搞建筑，曾为亲近的宠臣建造住宅。他亲自画图样，造模型，叫工匠照样子建造房屋，京师称之为"鲁班天子"。就这样，元顺帝整天忙于游玩享乐，或者热衷于造宫漏，建房屋，懒于处理政事。

元朝统治集团内部，则继续争权夺利，互相倾轧。元顺帝罢黜脱脱后，至正十五年(1355年)四月，以哈麻为左丞相，哈麻的弟弟雪雪为御史大夫，朝中大权落人哈麻兄弟手中。他们与奇皇后密谋拥立皇太子爱猷识里达腊为帝，被哈麻的妹婿秃鲁帖木儿告密，御史大夫搠思监也上书弹劾他们。至正十六年二月，元顺帝诏令哈麻兄弟出征自效，随即杖杀。接着，命搠思监为中书右丞相，辽阳行省左丞相、汉人太平(原名贺惟一)为中书左丞相。搠思监随即倒向皇太子、奇皇后一边，因贪污受贿，又被贬职。湖广行省左丞相太不花接任中书省右丞相后，设计谋害太平，也被削夺官爵。奇皇后和皇太子想迫元顺帝退位，极力拉拢太平，"太平不答"。皇太子便指使御史排挤太平所信任的汉官，迫使太平辞去相职。至正二十年，元顺帝再度起用搠思监为中书右丞相。后来，搠思监弹劾太平，把他流放吐蕃，太平被迫自杀。元朝统治集团的中枢就在长期的互相倾轧之中，不断地削弱自己的力量。

随着元朝统治的衰朽，加上农民起义的打击，元朝的财政和军事也日趋崩溃。

元朝每年的税收金、银，约有半数来自江浙；岁输京师的粮食约有十分之四来自江浙，十分之二来自河南，十分之一强来自江西，十分之一强来自湖广、陕西、辽阳等。这些地区大都有农民起义军的活动，加上水旱蝗灾又频繁发生，钱、粮岁赋难以如数征敛，更难以如期解送京师。元廷虽曾命令大司农司在雄州(今河北雄县、容城)、霸州(今河北霸州及其东南至子牙河一带)屯种，为大都提供粮食，号为"京粮"，仍然无法解决粮食的匮缺。至正十四年(1354年)，大都发生大饥荒，加上瘟疫流行，"民有父子相食者"。至正十八年，又发生水灾、蝗灾，从而出现"大饥疫"，"时河南北，山东郡县皆被兵，民之老幼男女，避居聚京师，以故死者相枕籍"，数达二十万。第二年．山东、河东、河南、关中等处发生特大蝗灾，"蝗飞蔽天，人马不能行，所落沟堑尽平，民大饥"；大都也出现大饥荒，饿死者无数，十一座城门外都挖掘掩埋尸体的大坑，号"万人坑"，在坑的四周，"鸱鹗百群，夜鸣至晓，连月乃止"，惨不忍睹。

在军事上，脱脱从各地拼凑来的军队在高邮战后一哄而散，元廷不得不转而依靠各地的地主武装特别是汉族的地主武装来镇压起义。至正十五年，元顺帝下诏："听富民愿出丁壮义兵五千名者为万户，五百名者为千户，一百名者为百户，仍降宣敕牌面"，承认地主武装头目的合法地位。各地的地主武装如雨后的蘑菇，到处涌现。他们有的被编人官军，由官府直接领导，如答失八都鲁的军队即是如此。答失八都鲁是蒙古贵族的后裔，世袭万户，至正十一年任四川行省参知政事，率本部探马赤军三千人，到荆、襄镇压农民起义。翌年，招募襄阳官吏及土豪，得"义丁"二万人，训练出一支极端仇视农民军的武装队伍。至正十四年，因镇压起义有功，升任四川行省平章政事，兼知行枢密院事。另一类地主武装不编人官军，由地主土豪自行率领作战，如察罕帖木儿和李思齐的军队。察罕帖木儿是畏兀儿人，曾祖在元初随元军进攻河南，此后便在颍州沈丘定居。他自幼读书，曾应进士考试，"居常慨然有当世之志"。至正十三年，在家乡沈丘组织地主子弟数百人，与罗山的汉族地主李思齐合兵，袭破刘福通占据的罗山，被元廷授为汝宁府达鲁花赤，李思齐也被授为汝宁知府。后来，察罕帖木儿转战中原各地，成为农民起义军的一个劲敌。这些地主武装割据乡土，互相攻掠，争为雄长。随着官军的溃败，逐渐形成了地主武装林立的局面。
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各地农民军乘着元朝统治危机日益加深的有利时机，大举出击。龙凤元年(1355年)六月，刘福通率领大宋红巾军在许州长葛(今河南长葛东北)击败答失八都鲁，后又在中牟劫取其军营。刘福通还派赵明达攻取葛、汝、洛阳，北渡孟津，至怀庆路(治今河南沁阳)，黄河之北为之大震。但察罕帖木儿自豫南赶来，赵明达战败。十二月，答失八都鲁又调兵向宋政权的都城毫州进犯，刘福通在太康迎战失利，元军进围亳州，韩林儿退避安丰。翌年三月，刘福通与元军激战于毫州，答失八都鲁坠马，大败退走，毫州转危为安。为了解除元军对亳州的压力，龙风二年九月，刘福通命李武、崔德率军西征，攻打陕西。十月，赵均用攻破淮安，接受大宋号令。刘福通又命赵均用部将毛贵自海州(治朐山，今江苏连云港海州区)乘船，从海上攻打胶东半岛。大宋红巾军东西两路进军，都取得很大胜利，打破了元军对毫州的围攻。

龙凤三年(1357年)六月，刘福通决定进攻汴梁，并分兵三路北伐。刘福通自己亲率大军北进。七月，驻守黄河的元"义兵"万户田丰投降，归德知府林茂、万户时公权也以城降，北渡黄河的通道被打通。八月，刘福通攻下大名卫辉路(治汲县，今河南卫辉)。元朝急调答失八都鲁前来抵挡，又调知枢密院事答里麻失理领兵增援。刘福通回师曹州，击杀答里麻失理，答失八都鲁力尽而退，遭元廷猜疑，于年底忧愤而死。龙凤四年正月，元廷命答失八都鲁的儿子孛罗帖木儿为河南行省平章政事，总领其父原管兵马。三月，刘福通再攻卫辉，向汴梁逼近。五月，汴梁发生大饥荒，刘福通乘机发动进攻，元守将竹贞弃城逃遁。刘福通率部进驻汴梁，自安丰迎小明王人居，定为都城。

在刘福通攻取汴梁的同时，三路北伐大军也分道出击。东路军由毛贵率领，龙凤三年三月攻占莱州(治今山东掖县)，到年底已攻下山东的大部分州郡。翌年二月，攻占济南，"立宾兴院"，选用归降的元朝官吏，并命姬宗周等戍守诸路。毛贵还在莱州立三十六屯，每屯相距三十里，造大车百辆，用来运送屯田所得的粮食。对官民田征收税粮，"十止收二分"，"冬则陆运，夏则水运"，将屯田收获的粮食和向官民田征收的税粮，运送到前方以供军需之用，从而为出师提供了必要的物质基础。接着，他挥戈北上，攻占清(治今河北青县)、沧(治今河北沧县)两州，入据长芦镇(在今河北沧州市)，斩元将董抟霄。三月，又攻占蓟州，到达蓟州枣林(今北京通州区西南)、柳林，距大都仅一百二十里。元朝"中外大骇，廷议迁都以避之"，元顺帝下诏急调各地官军和地主武装人卫京畿。不久，红巾军为元知枢密院事刘哈喇不花所败，不得不退回济南。中路军由关先生(关铎)、破头潘(潘诚)、沙刘二(扫地王)、冯长舅等率领，龙凤三年九月自曹州越过太行山攻入山西境内，第二年三月攻占晋宁(治今山西临汾)。寻分兵两路，一路攻绛州(治今山西新绛)，一路由沁州(治今山西沁县)出发，攻冀宁(治今山西太原)、大同等地，准备进人河北与东路军会合。元廷调察罕帖木儿至山西，分兵"守把太行关隘"。西路军以顽强的斗志，突人河北，进攻保定，为元军所阻，转而占领完州(治今河：贝平)，北上攻占大同，打出塞外，进攻兴和(治今河北张北)等路。十二月，攻破元上都开平，放火