。明朝采取这种羁縻卫所的间接统治制度，目的是为了使它们犬牙相制，难以形成统一的力量来对付朝廷，同时又利用它们为明朝构成一道西陲屏障，不惟断匈奴右臂，亦以壮西土藩篱。

西北地区民族成分复杂，宗教信仰多样。朱元璋因俗而治，对各种宗教都加以扶持，令其化导为善，阴助王化。当地有部分汉族和少数民族信奉佛教，藏族则普遍信仰藏传佛教。他对此均大力扶持。洪武二十五年(1392年)，西宁番僧三刺招降罕东诸部后，在碾伯(今青海乐都)南川建寺以居其众。翌年，三刺人贡，请敕护持，颁赐寺额，朱元璋即赐名目瞿昙寺，并赐敕护持，明令诸人不许扰害，违者罪之。洪武二十七年，西宁卫镇抚李喃哥等建佛刹于其地以居番僧，来请寺额，也赐名日宁番寺。此后，僧徒争建寺庙，明廷辄赐以嘉名，且赐敕护持。番僧来者日众。洪武二十六年三月，还设西宁僧纲司，以僧三刺为都纲；设河州卫汉僧纲司，以故元国师魏失刺监藏为都纲；设河州卫番僧纲司，以僧月监藏为都纲。僧纲司隶属中央的僧录司管辖，其职责是主其教以绥来远人，并检束僧人，务要恪守戒律，阐扬教法，如有违犯清规、不守戒律及自相争讼者，听从究治，有司不许干预。

回族及畏兀儿等族崇信伊斯兰教，驻守西北的明军也有部分回族军士是信仰伊斯兰教的穆斯林。明廷对伊斯兰教也采取宽待和扶持的政策，为穆斯林修建了礼拜寺，如旧洮州堡(今甘肃临潭县旧城)的礼拜上寺，就是洮州卫在洪武年间修建的。

为示朝廷怀柔之意，朱元璋还对人京朝贡的西北各族僧俗首领给予大量的赏赐。如洪武七年(1374年)，安定王卜烟帖木儿前来朝贡，赐织金文绮四匹。洪武三十年十月，安定卫酋长搭孩虎都鲁入朝贡马四十匹，上嘉其慕义，厚赉之。复遣中使赍金币往赐其酋长、指挥，人织金衣一袭、文绮帛各三匹、白金一百五十两；千户人衣一袭、文绮帛各二匹、白金一百两；百户人衣一袭、文绮帛各一匹、自金五十两。此外，明廷还允许入贡使者将多余的物品在会同馆与民间进行交易，并在京师及返回途中购买所需的物品。贡赐与茶马贸易，使西北各族首领获得很大的经济利益。因此，他们都极力维护与明中央政府的臣属关系。这种贡赐往来，还作为一种特殊的贸易形式施行于明朝辖区之外的西域各邦国。只要这些邦国遣使人明朝贡，明廷均按厚往而薄来之策，给予优厚的回赐。如洪武二十四年七月，别失八里的黑的儿火者首次派遣千户哈马力丁、百户斡鲁撒等抵达南京贡马十一匹、海青一，朱元璋诏赐其王采币十表里，哈马力丁二表里、银一百两，斡鲁撒等各二表里、银十两、钞十锭，从者各银五两、钞五锭。随着经济联系的不断加强，明朝在西域的政治地位日益提高，政治影响也在不断地扩大。

西部的藏族主要聚居在西藏，还有部分聚居在青海、甘肃、四川和云南等地。洪武二年(1369年)，明军进入陇右，遣使招谕吐蕃诸部，宣布元君失政，天下易主。寻遣陕西行省员外郎许允德前往招抚，令各族酋长举故官至京授职。翌年，邓愈攻占元朝吐蕃等处宣慰使司都元帅府驻地河州，再次遣使招降藏族各部。故元陕西行省吐蕃宣慰使何锁南普，吐蕃地区法理上的所有者、镇西武靖王纳刺相继归降。洪武四年，明军攻入四川，灭亡夏国，故元阶州、文州、茂州、威州、松潘等地的蒙、藏官员和各族头领也纷纷归附。此后，朵甘、乌思藏等地藏族僧、俗首领转相招引，遣使人朝，接受明廷的敕封。这样，广大的藏族地区摆脱了元朝统治，归人明朝的版图。

在成功地招抚了藏族各部后，朱元璋未再恢复元代中央管理西藏地方事务的宣政院和以藏族僧人兼领院事的帝师制度，直接在藏区施行内地特别是在其他少数民族地区实施的军事行政制度。在靠近内地的藏区，首先于洪武四年设河州卫，以明将韦正为指挥使，授何锁南普为指挥同知。其下设千户、百户，以归附的各部头领充任，子孙世袭。洪武六年，故元六番招付使高英派他儿子敬严等人京朝贡，诏置天全六番招讨司，以高英为正招讨。第二年，又置汶山、汝州、陇木头、静州、岳希蓬五个长官司，隶重庆卫。洪武十年，松州、茂州藏族上层举兵叛乱，翌年洮州藏族上层也发动叛乱，朱元璋命沐英等率兵镇压。在平叛过程中，相继设置了茂州、岷州、洮州、松州、威州诸卫。陇木头等长官司划归茂州卫管辖，松潘等处安抚司及所属各长官司划归松州卫管辖。其他几个卫大致也下辖若干藏族土司，各降印信，仍立首领一人为土官，以世掌之。土官之下，每寨又有牌头寨之名，便于各卫所认纳青稞差役。靠近内地的这些卫所，均实行汉藏参治、军政合一，卫指挥(正职)由中央派遣，藏族头领担任副职，管理当地藏族事务，督领各土司下属的土军。在乌思藏及其东部朵甘思的藏族聚居地区，朱元璋则设置羁縻卫所，其他仍沿用元朝制度，未作更大变动。洪武三年明军克复河州后，河州以西朵甘、乌思藏诸部归附，翌年十月设立朵甘卫指挥使司。洪武六年二月，由于许允德的招抚，故元摄帝师喃加巴藏卜入京朝贡，举荐故元国公南哥思丹八亦监藏等六十人，请授职名。诏置乌思藏卫指挥使司和二个宣慰司、一个元帅府、四个招讨司、十三个万户府、四个千户所，任命南哥思丹八亦监藏等为指挥同知、佥事、宣慰使同知、副使、元帅、招讨、万户等官，并遣使诏谕朵甘、乌思藏等处，宣布：我国家受天明命，统驭万方，恩抚良善，武威不服，凡在幅员之内，咸推一视之仁。自今为官者，务遵朝廷之法，抚安一方；为僧者，务敦化导之诚，率民为善，以共乐太平。同月，最边远的阿里的藏族头领搠思公失监委心效顺，诏置俄力思军民元帅府，授予元帅之职。洪武七年七月，升朵甘、乌思藏二卫为行都卫，分别授予锁南兀即尔和管招兀即尔为都指挥同知，并隶属同时设置的西安行都卫管辖。十二月，奉朱元璋之命返回乌思藏招谕未附头领的喃加巴藏，与朵甘都指挥同知锁南兀即尔等遣使人朝，奏举土官赏竺监藏等五十六人，诏置朵甘思宣慰司及六个招讨司、四个万户府、十七个千户所，以赏竺监藏等七人为朵甘都指挥同知，南哥思丹八亦监藏等三人为乌思藏都指挥同知，其他人也授予各种官职。洪武八年正月，诏置帕木竹巴万户府。十月，西安行都卫改为陕西行都司，朵甘、乌思藏行都卫也一并改为行都司。后来，朱元璋又陆续敕封一批藏族首领以宣慰、招讨等官。洪武十八年正月，又设俺不罗行都司，以古鲁监藏为都指挥佥事。洪武三十年，诏设长河西鱼通宁远宣慰司。这样，在洪武三十多年间基本上完成了藏族聚居地区行政机构的建置，在自雅砻江、金沙江流域至阿里、拉达克地区分别设立了乌思藏、朵甘、俺不罗行都司与俄力思军民元帅府以及所属各级机构。各级官员包括都指挥使在内，皆敕封归附的当地僧俗首领担任，并保留他们内部的上下级关系。但官员的品秩和任免升迁，则由朝廷直接掌握，使之服从朝廷的统一管辖。这些机构，有的属于土司，有的则属于羁縻卫所的性质。

藏族地区盛行藏传佛教，俗称喇嘛教，教派众多。朱元璋虽然废除了元朝的帝师制度，但乃因其俗尚，用僧徒化导为善，沿用元朝赐给僧徒封号的办法，敕封宗教首领，利用宗教来统治藏族人民。帕木竹巴派(伯木古鲁派)是当时乌思藏势力较强的教派，洪武五年(1372年)四月河州卫言：乌思藏帕木竹巴之地，有僧日章阳沙加监藏(藏文史籍作释迦坚赞)，元时封灌顶国师，为番人推服。朱元璋即封他为灌顶国师，破格遣使人藏，赐玉印、彩币。章阳沙加监藏死后，又授其徒锁南札思巴噫监藏(藏文史籍作索南桑保[福贤)为灌顶国师。洪武二十一年，锁南札思巴噫监藏上表称病，举其弟吉刺思巴监藏巴藏(藏文史籍作札巴坚赞)代之，又授予灌顶国师之号。萨迦派在元朝一直掌握帝师的职务，代表中央统治藏区，位高望尊，朱元璋自然也极为重视。洪武六年二月，故元摄帝师喃加巴藏人贡，即敕封他为炽盛佛宝国师，赐玉印及彩段表里二十匹，玉印刻成后，觉得那块玉还不太好，又令工匠另选一块美玉重刻，以示崇敬。后来，还诏封元朝第一任摄帝师八思巴的后人公哥监藏巴藏为圆智妙览弘教大国师。另外，止贡派僧人也有受封为国师、大团师的、在赐予各教派高僧封号的同时，朱元璋还颁布诏令，要求藏区民众严遵佛教，不得悔慢僧徒，说：今朵甘思、乌思藏两卫地方，诸院上师，踵如来之大教，备五印之多经，代佛阐扬，化凶顽以从善，启人心以涤愆。朕谓佛为众生若是，今多院诸师亦为佛若是，而为暗理王纲，与民多福。敢有不遵佛教而慢诸上师者，就本处都指挥使司如律施行，毋怠!⊥本⊥作⊥品⊥由⊥⊥網⊥友⊥整⊥理⊥上⊥傳⊥

朱元璋不仅赐予藏族高僧荣宠的封号，让他们在藏区自由传教，而且还颁赐诏敕，特许他们来到内地云游，在名山佛刹驻锡安禅，授徒传教。比如，他在《谕善世禅师板的达敕》里就说：禅师自西而来，朝夕慕道，务在利人济物。前者东达沧海而礼补陀(普陀)，旋锡钱塘而踅禅天目，西游庐岳，中国之名山，遂禅师之意已达，复来京师，驻锡钟山之阳，日禅岩穴。禅师之所以玄中仰观俯察，志在神游八极，惟神天昭鉴。迩者朕建陵山前，闻禅师欲徙禅他往，被无知者所惑，乃日非旨不前，是致踌蹰。朕今敕禅师：凡欲所向，毋自猜疑，当飞锡而进，锡止而禅。在赐给番僧端月监藏的护持敕里也说：尔番僧端月监藏修行有年，今来朝京师，特赐敕护持。凡云游坐禅，一听所向，以此为信。诸人毋得慢忽其教，违者国有常刑。朱元璋还常命令礼部，为藏僧在内地云游提供各种方便。如洪武十八年(1385年)三月初五，他即命礼部官员：云南来的那十个(西番)僧人，恁礼部依先的僧人一般，与他文书，着他去浙江地面里游玩(云游)，所至寺院，即令随堂。礼部官员即给批付僧妙闻等，钦遵前去游方，仰各处僧纲司、僧会司如遇各僧到寺，即令随堂，并咨兵部应付脚力，送至镇江，听从游玩。由于朱元璋的积极招徕，有不少藏僧来到内地驻锡安禅，久留不返，甚至建立自己的寺院道场，收徒传教，或者担任僧纲司的官职，如星吉监藏在洪武十八年即曾出任僧纲司右览义之职。

为了笼络藏族上层，朱元璋除了实行凡来者辄授宫的政策，还规定各级僧俗官员，不论他们之间有无统属关系，均可入京朝贡，凡人贡者都给予优